课题组动态 Lab News
  • 2024年4月18日，硕士梁方，硕士生孙梦投稿论文《Recent advances and challenges in protein complex model accuracy estimation》录用于Computational and Structural Biotechnology Journal期刊。
  • 2024年4月3日，张贵军教授入选浙江省“万人计划”科技创新领军人才。
  • 2024年3月24日，清华大学汪小我教授受邀访问，并做学术报告“基因调控序列的智能解读与逆向设计”。
  • 2024年3月15日，硕士生汪辉，博士生刘栋投稿论文《SPDesign: protein sequence designer based on structural sequence profile using ultrafast shape recognition》录用于Briefings in Bioinformatics期刊。
  • 2024年3月8日，硕士生张子莹，硕士生蔡亚贤投稿论文《DEMO-EM2: Assembling protein complex structures from cryo-EM maps through intertwined chain and domain fitting》录用于Briefings in Bioinformatics期刊。
  • 2024年1月9日，江南大学陈兴教授受邀访问，并做学术报告“大数据+人工智能助力药物研发”；浙江大学朱峰教授受邀访问，并做学术报告“人工智能辅助的药物靶标发现”。
  • 2023年12月29日，张贵军教授团队获得浙江省生物信息学学会先进集体奖；刘俊博士获得浙江省生物信息学学会优秀博士学位论文奖。
  • 2023年12月20日，华中科技大学黄胜友教授受邀访问，并做学术报告“基于蛋白质语言模型的蛋白质复合物链间接触预测”。
  • 2023年12月6日，深圳湾实验室研究员周耀旗受邀访问，并做学术报告“所有蛋白质结构的高精度预测：未来已来”。
  • 2023年11月29日，博士生彭春祥，梁方邀稿综述论文《Recent advances and challenges in protein structure prediction》录用于Journal of Chemical Information and Modeling期刊。
  • 2023年11月21日，上海交通大学马步勇教授受邀访问，并做学术报告“抗体-抗原识别与一般蛋白质-蛋白质互作的异同：分子模拟与人工智能研究”。
  • 2023年11月20日，博士生侯铭桦,硕士生金思融投稿论文《Protein Multiple Conformations Prediction Using Multi-Objective Evolution Algorithm》录用于Interdisciplinary Sciences:Computational Life Sciences期刊。
  • 2023年11月8日，周晓根 博士入选国家高层次青年人才计划项目。
  • 2023年10月31日，博士生刘栋,课题组张彪教师投稿论文《GraphCPLMQA: Assessing protein model quality based on deep graph coupled networks using protein language model》录用于Briefings in Bioinformatics期刊。
  • 2023年10月13日，博士生夏瑜豪,博士生赵凯龙投稿论文《Multi-domain and complex protein structure prediction using inter-domain interactions from deep learning》录用于Nature旗下期刊Communications Biology。
  • 2023年9月15日，博士生刘俊,博士生刘栋投稿论文《DeepUMQA3: a web server for accurate assessment of interface residue accuracy in protein complexes》录用于Bioinformatics期刊。
  • 2023年9月15日，硕士生朱海涛,博士生夏瑜豪投稿论文《E2EDA: Protein Domain Assembly Based on End-to-End Deep Learning》录用于Journal of Chemical Information and Modeling期刊。
  • 2023年9月8日，博士生赵凯龙，梁方邀稿综述论文《Recent advances in protein folding pathway prediction through computational methods》录用于Current Medicinal Chemistry期刊。
  • 2023年9月6日，周晓根博士受邀在“PSI云上半月谈”做专题报告：多域蛋白质结构渐进建模及域级-全链级功能预测。
  • 2023年9月2日，博士生刘栋，崔新月，硕士生王浩东邀稿综述论文《蛋白质结构模型质量评估方法综述》录用于物理学报期刊。
  • 2023年8月29日，硕士生黄兆鸿,博士生崔新月投稿论文《Pathfinder: protein folding pathway prediction based on conformational sampling》录用于PLOS Computational Biology期刊。
  • 2023年8月8日，博士生刘俊，博士生刘栋，硕士生何广星工作《Estimating protein complex model accuracy based on ultrafast shape recognition and deep learning in CASP15》录用于PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics期刊。
  • 2023年7月2日，张贵军，周晓根，张彪作为完成人，项目"蛋白质多结构域折叠机理及全链建模方法"获得2022年度中国自动化学会自然科学二等奖。
  • 2023年7月2日，硕士生王浩东、韩天煜、胡家涛、王鹏成，博士生刘栋组成的团队合作项目《基于深度学习的蛋白质模型质量评估关键技术研发与应用》入选浙江省教育厅科研项目。
  • 2023年6月19日，张贵军教授组织举办了第二届浙江工业大学“e博论坛”，以“生物信息与智能健康”为专题开展了学术交流，博士生赵凯龙，博士生夏瑜豪，在会上做报告。
  • 2023年6月18日，由浙江工业大学承办的第一届全国生物分子结构预测与模拟学术会议暨中国生物信息学学会（筹）生物分子结构预测与模拟专委会成立会议成功举办，张贵军教授担任会议组委会主席，被聘任为第一届专委会常务委员，并在会议上作大会主题报告：“蛋白质结构预测：从单域、多域到复合物之路”。张彪博士担任专委会委员，并在会议上作青年学者邀请报告。
  • 2023年6月8日，博士生刘俊，博士生彭春祥学位论文被评为2023年学院优秀博士学位论文；硕士生何广星，硕士生葛锋其学位论文被评为2023年学院优秀硕士学位论文；其中，硕士生何广星学位论文被评为2023年浙江工业大学校级优秀硕士学位论文。
  • 2023年5月27日，江苏理工学院常珊教授受邀访问并做学术报告“蛋白质与配体的复合物结构预测及其研究”。
  • 2023年5月23日，硕士生何广星投稿论文《GraphGPSM: a global scoring model for protein structure using graph neural networks》录用于Briefings in Bioinformatics期刊。
  • 2023年5月17日，山东大学杨建益教授受邀访问并做学术报告“AI助力蛋白质结构预测”。
  • 2023年4月02日，张贵军教授应邀在青岛举行的第二届中国智能健康与生物信息大会（IHB2023）做大会特邀报告：蛋白质三维结构建模若干关键问题研究及挑战。
  • 2023年3月20日，硕士生徐旭瑶、博士生彭春祥等组成的参赛团队参加第十三届挑战杯全国大学生创业计划大赛，获得全国银奖。
  • 2023年2月24日，硕士生葛锋其投稿论文《Inter-domain distance prediction based on deep learning for domain assembly》录用于Briefings in Bioinformatics期刊。
  • 2023年2月17日，博士生赵凯龙研究工作《Protein structure and folding pathway prediction based on remote homologs recognition using PAthreader》录用于Nature旗下期刊Communications Biology。
  • 2023年2月14日，百度百图生科团队首席AI科学家宋乐教授一行，与课题组进行了深入交流。
  • 2022年12月14日，课题组在蛋白质结构预测大赛CASP15复合物界面接触残基精度评估赛道中斩获冠军。
  • 2022年12月4日，张贵军,周晓根,张彪作为完成人，获得浙江省生物信息学学会自然科学一等奖1项。
  • 2022年11月24日，张贵军,周晓根,张彪作为完成人，获得中国自动化学会自然科学二等奖1项。
  • 2022年11月12日，浙江省第一届人工智能于生物信息学前沿交叉论坛顺利举办，张贵军教授担任会议主席，周晓根博士在会议上作报告。
  • 2022年10月24日，博士生刘俊投稿论文《Improved model quality assessment using sequence and structural information by enhanced deep neural networks》录用于Briefings in Bioinformatics期刊。
  • 2022年10月19日，张贵军教授受PSI云上半月谈邀请做“蛋白质多结构域组装，模型质量评估及折叠研究”报告。
  • 2022年10月12日，浙江省团委副书记莅临众创空间参观指导实验室挑战杯项目。
  • 2022年9月8日，硕士生徐旭瑶获得2022年度浙江省大学生科技创新活动计划（新苗人才计划）项目立项。
  • 2022年9月7日，华为AI生物计算专家来课题组指导交流，华为倪宁曦博士、课题组彭春祥和刘俊博士生进行了报告。
  • 2022年8月16日，课题组参加第三届全国“农业、健康与生态”整合生物信息学学术研讨会暨乡村振兴发展论坛，张贵军教授担任大会秘书长，周晓根博士在会议上作特邀报告，彭春祥博士生作研究生论坛报告。
  • 2022年8月7日，博士生彭春祥投稿论文《Structural analogue-based protein structure domain assembly assisted by deep learning》被Bioinformatics录用。
  • 2022年7月5日，国科大杭州高等研究院陈洛南研究员、刘小平研究员一行莅临实验室指导工作。
  • 2022年7月1日，博士生彭春祥获得浙江工业大学优秀博士学位论文培育中期考核合格后滚动资助;博士生赵凯龙获得浙江工业大学优秀博士学位论文资助。
  • 2022年7月1日，硕士生徐旭瑶、黄兆鸿、葛锋其组成的团队在2022浙江省高校大学生创业训练营中获得金钥匙奖、二等奖。
  • 2022年6月11日，博士生刘俊获得浙江工业大学第十九届研究生十佳"学术之星"荣誉称号。
  • 2022年5月29日，硕士生葛锋其、金思融、张金龙组成的参赛团队参加第八届"互联网+"大学生创业创业大赛，获得校级金奖
  • 2022年5月22日，硕士生徐旭瑶、黄兆鸿、刘栋组成的参赛团队参加第十三届"挑战杯"大学生创业计划竞赛，获得浙江省金奖
  • 2022年5月14日，胡俊博士和周晓根博士应邀在第十届生物信息学与计算生物学国际会议（ICBCB2020）上作特邀报告，周晓根博士担任生物信息学和计算生物学分会主席。张贵军教授担任ICBCB2020技术委员会主席。
  • 2022年5月11日，硕士生余众泽投稿论文《DomBpred: protein domain boundary prediction based on domain-residue clustering using inter-residue distance》被 IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 录用。
  • 2022年4月27日，课题组开发ZJUT-DeepAssembly服务器在CAMEO三维建模组 (CAMEO-3D) 周测排名世界第一；开发DeepUMQA2服务器在CAMEO模型质量评估组 (CAMEO-QE) 周测排名世界第一，DeepUMQA2连续四周排名第一，并获得月冠军。(2022-04-23统计结果)
  • 2022年4月21日，周晓根教授投稿论文《DEMO2: Assemble multi-domain protein structures by coupling analogous template alignments with deep-learning inter-domain restraint prediction》被Nucleic Acids Research录用。
  • 2022年4月13日，周晓根教授投稿论文《I-TASSER-MTD: A deep-learning based platform for multi-domain protein structure a nd function prediction》被Nature Protocols录用。
  • 2022年3月29日，博士生刘俊获得信息工程学院第十九届研究生十佳"学术之星"荣誉称号。
  • 2022年2月26日，周晓根教授投稿论文《Progressive assembly of multi-domain protein structures from cryo-EM density maps》被Nature Computational Science录用。
  • 2022年2月20日，硕士生冯琼琼投稿论文《Construct a variable-length fragment library for de novo protein structure prediction》被Briefings in Bioinformatics录用。
  • 2022年2月18日，周晓根博士获得运河青年学者，被聘为浙江工业大学校聘教授，加入课题组。
  • 2022年2月7日，课题组张彪教师的合作论文《CR-I-TASSER: assemble protein structures from cryo-EM density maps using deep convolutional neural networks》在Nature Methods上发表。
  • 2022年1月23日，硕士生郭赛赛投稿论文《DeepUMQA: Ultrafast shape recognition-based protein model quality assessment using deep learning》被Bioinformatics录用。
  • 2021年12月17日，博士生刘俊受邀参加浙江工业大学信息学院“E博论坛”，分享在结构生物信息学科研过程中的感想与经验。
  • 2021年12月16日，张贵军教授课题组开发的模型质量评估算法DeepUMQA、蛋白质结构预测算法RocketX，参加CAMEO一周盲测竞赛（2021-12-11）。其中，DeepUMQA算法在模型质量评估组别中总排名全球第一；RocketX算法在竞争最为激烈的三维结构预测组别中全球排名7/23，在高难度蛋白上排名5/23。
  • 2021年12月9日，张贵军教授课题组开发的蛋白质结构预测算法，首次参加CAMEO蛋白质结构预测组的一周盲测（2021-12-4）竞赛，取得了在所有目标上排名8/23；在中等难度目标上，排名6/23；在高难度目标上，排名8/23的成绩。
  • 2021年12月9日，张贵军教授课题组开发的模型质量评估算法DeepUMQA，在CAMEO蛋白质模型质量评估组一周盲测（2021-12-4）中，在模型中等精度数据集中（蛋白质结构lDDT分数为40~80）取得1/17的成绩。
  • 2021年12月6日，张贵军教授组织举办了首届浙江工业大学“e博论坛”之博士生学术交流系列活动，以“生物信息学”为专题开展了学术交流，并被"钱江晚报"报道。[新闻链接]
  • 2021年12月3日，张贵军教授受邀担任第十届IEEE生物信息学与计算生物学国际会议（ICBCB2022）技术委员会主席。
  • 2021年12月2日，张贵军教授课题组开发的模型质量评估算法DeepUMQA，首次参加CAMEO蛋白质结构模型质量评估组的一周盲测（2021-11-27）竞赛，取得2/17的成绩。
  • 2021年12月2日，通过学院推荐，学校答辩，实验室获得浙江工业大学“生物信息学研学空间”称号。
  • 2021年11月19日，张贵军教授应邀在南开大学作学术报告：“基于计算智能和深度学习方法的蛋白质结构多模态优化”。
  • 2021年11月14日，张贵军教授担任浙江省生物信息学学会秘书长。
  • 2021年10月21日，张贵军教授应邀在浙江大学作学术报告：“蛋白质结构建模与优化”。
  • 2021年10月19日，博士生刘俊和硕士生郑琳琳获得2020-2021学年研究生国家奖学金。
  • 2021年10月10日，博士生侯铭桦投稿论文《Multi Contact-based Folding Method for de novo Protein Structure Prediction》被Briefings in Bioinformatics录用。
  • 2021年9月30日，硕士生徐旭瑶、黄兆鸿、葛锋其组成的参赛团队参加第十七届全国“挑战杯”竞赛“黑科技”专项中，获得“行星奖”。
  • 2021年9月16日，硕士生饶亮投稿论文《ATPdock: a template-based method for ATP-specific protein-ligand docking》被Bioinformatics录用。
  • 2021年8月25日，博士生刘俊投稿论文《A de novo protein structure prediction by iterative partition sampling, topology adjustment, and residue-level distance deviation optimization》被Bioinformatics录用。
  • 2021年7月12日，博士生王柳静投稿论文《Distance-guided protein folding based on generalized descent direction》被Briefings in Bioinformatics录用。
  • 2021年7月5日，张彪博士入职浙江工业大学，加入课题组。
  • 2021年7月2日，张贵军教授获得浙江工业大学第十二届研究生“我心目中的好导师”称号。
  • 2021年7月1日，博士生夏瑜豪投稿论文《A Sequential Niche Multimodal Conformational Sampling Algorithm for Protein Structure Prediction》被Bioinformatics录用。
  • 2021年6月25日，博士生赵凯龙投稿论文《MMpred: a distance-assisted multimodal conformation sampling for de novo protein structure prediction》被Bioinformatics录用。
  • 2021年6月6日，硕士生徐旭瑶、金思融、黄兆鸿组成的参赛团队参加第七届中国杭州大学生创业大赛，获得优胜奖。
  • 2021年6月6日，葛锋其硕士生获得2021年度浙江省大学生科技创新活动计划（新苗人才计划）项目立项。
  • 2021年4月19日，中国矿业大学人工智能研究院副院长陈兴教授受邀访问并做学术报告“大数据+人工智能助力疾病早期检测和药物研发”。
  • 2021年4月2日，博士生彭春祥、刘俊、饶亮获得信息学院十佳“学术之星”称号。
  • 2021年4月1日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心系统生物学重点实验室执行主任陈洛南研究员受邀访问并做学术报告“单细胞测序的生物信息学方法与应用”。
  • 2021年1月5日，博士生彭春祥参加学校＂青说青听＂献礼建党100周年活动，在宣讲会上做了主题为“利用人工智能探索蛋白质结构奥秘”的宣讲，该活动被光明日报报道。
  • 2020年12月18日，通过学院推荐、现场考核及网络投票，实验室获得浙江工业大学“最美研究生实验室”称号。
  • 2020年12月2日，硕士生王小奇毕业论文《基于距离谱的蛋白质结构预测方法研究》被评为2019年浙江省优秀硕士学位论文。
  • 2020年11月30日，浙江省人民医院副院长张大宏教授受邀访问，并做学术报告“医学临床痛点为引领的医工联合泌尿外科创新发展”。
  • 2020年11月17日至21日，硕士生陈芳、赵凯龙带领团队参加第六届中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛，获得全国银奖。
  • 2020年11月17日，浙江科技学院副校长万健教授、浙江科技学院研究生副院长张蕾等一行受邀访问，并做学术报告“全生命周期生物样本资源区块链平台关键技术研究及应用示范”、“自噬通路关键激酶ULK1作为肝细胞癌潜在治疗靶点及药物先导物研究”。
  • 2020年11月14日，张贵军教授受邀参加第二届大数据背景下的数据分析和人工智能研讨会，并作“蛋白质三维结构建模与优化”专题报告。
  • 2020年11月7日，张贵军教授主持的中国生物信息学云论坛第十场报告会成功举行。中国生物信息学学会（筹）负责人孙之荣教授（清华大学）对本次论坛致开幕词。浙江大学周如鸿教授，中科院计算技术研究所卜东波研究员，西湖大学卢培龙研究员，浙江省生物信息学学会理事长陈铭教授（浙江大学）担任论坛的特邀嘉宾。
  • 2020年10月22日，清华大学副教授汪小我受邀访问，并做学术报告“基因调控的信息解读与人工设计”。
  • 2020年10月22日，温州医科大学研究员苏建忠受邀访问，并做学术报告“Pathway Analysis of Single-cell Transcriptomes Tracing Cancerous Origin”。
  • 2020年10月19日，博士生彭春祥和硕士生武楚雄获得2019-2020学年研究生国家奖学金。
  • 2020年10月12日，西湖大学研究员卢培龙受邀访问，并做学术报告“Computational design of transmembrane proteins”。
  • 2020年8月31日，电子科技大学教授邹权受邀访问，并做学术报告“Computational detecting disease molecular markers”。
  • 2020年8月，生命方舟项目团队接受浙江台新闻频道采访。[视频链接]
  • 2020年8月，硕士生饶亮等组成的团队参加挑战杯竞赛，获得浙江省三等奖。
  • 2020年8月22日至24日，硕士生陈芳等组成的团队参加第六届互联网+竞赛，获得浙江省金奖，同时参加浙江省互联网+五强晋级赛，获得亚军。
  • 2020年7月，硕士生武楚雄投稿论文《动态路网选址-路径优化算法及实现》被控制理论与应用录用。
  • 2020年6月19日，浙江天科生物研究员（前浙江省微生物研究所所长）陈欢受邀访问与团队进行交流合作。
  • 2020年6月3日，博士生彭春祥投稿论文《De novo Protein Structure Prediction by Coupling Contact with Distance Profile》被TCBB录用。
  • 2020年5月27日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心系统生物学重点实验室执行主任陈洛南研究员受邀访问并做学术报告“基于动力学的因果分析理论与方法”。
  • 2020年5月14日，课题组与温州医科大学苏建忠教授合作论文《 scTPA: A web tool for single-cell transcriptome analysis of pathway activation signatures》被Bioinformatics期刊录用。
  • 2019年12月28日，张贵军教授被评为浙江省生物信息学学会“先进工作者称号”。
  • 2019年12月26日，清华大学生命科学学院龚海鹏副教授受邀访问并做学术报告“Contact and distance-based protein structure prediction”。
  • 2019年12月12日，博士生刘俊投稿论文《CGLFold: a contact-assisted de novo protein structure prediction using global exploration and loop perturbation sampling algorithm》被Bioinformatics录用。
  • 2019年11月19日，张贵军教授申报项目“多域蛋白结构组装预测方法研究”获得2020年度浙江省自然科学基金重点项目资助。
  • 2019年11月7日至12日，博士生刘俊、彭春祥等组成的参赛团队参加第十六届挑战杯全国大学生课外学术科技作品竞赛，获得全国二等奖。
  • 2019年11月4日，硕士生王浩文、张晨、陈芳、李亭组成的参赛团队参加Esri杯中国大学生GIS软件开发竞赛，获得全国二等奖。
  • 2019年10月，周晓根博士的研究论文荣获浙江省优秀博士学位论文称号。
  • 2019年10月13日，浙江省生物信息学学会人工智能专业委员会成立，并聘任张贵军教授为主任委员，胡俊副教授被聘任为秘书长。
  • 2019年10月13日，硕士生赵凯龙等组成的参赛团队参加浙江省"第三届"学会杯生物信息学竞赛，获得冠军。
  • 周晓根博士在美国科学院院报《PNAS》发表研究成果，在线链接:http://www.ie.zjut.edu.cn/xxgcxy/jsp/news.jsp?neId=15582。
  • 2019年8月27日，周晓根博士的研究论文《Underestimation-Assisted Global-Local Cooperative Differential Evolution and the Application to Protein Structure Prediction》被IEEE Transactions on Evolutionary Computation (TEVC)录用。
  • 2019年7月11日，硕士生彭春祥等组成的团队参加互联网+竞赛，获得浙江省金奖。
  • 2019年5月26日，全体实验室师生恭贺19届毕业生顺利毕业，举行毕业晚餐活动。
  • 2019年5月25日，硕士生刘俊、彭春祥、谢腾宇、李远锋等组成的参赛团队参加挑战杯比赛，获得浙江省级一等奖。
  • 2019年5月20日，博士生郝小虎通过博士学位答辩顺利毕业。
  • 2019年5月17日，硕士生马来发，谢腾宇，王小奇，陈安通过硕士学位答辩顺利毕业。
  • 2019年5月12日，硕士生王小奇的论文《Two-stage Distance Feature-based Optimization Algorithm for De novo Protein Structure Prediction》被TCBB录用。
  • 2019年5月，硕士生王小奇的毕业论文被评为2019年浙江工业大学校优秀学位论文。
  • 2019年5月，博士生郝小虎荣获浙江省普通高等学校优秀毕业生称号，硕士生王小奇荣获浙江省普通高校优秀毕业生称号，硕士生马来发荣获浙江省普通高校优秀毕业生称号，硕士生谢腾宇荣获2019年校级优秀硕士研究生称号，硕士生姚飞荣获2019年校级优秀硕士研究生称号。
  • 2019年5月，硕士生彭春祥等组成的参赛团队参加互联网+比赛，获得校级银奖。
  • 2018年9月30日，郝小虎博士生和姚飞硕士生获得2017-2018学年研究生国家奖学金。
  • 2018年9月26日，秦子豪硕士生获得浙江省教育厅科研项目立项。
  • 2018年9月，周晓根博士前往美国密歇根大学张阳实验室展开博士后研究工作。
  • 2018年9月，胡俊老师被聘为浙江工业大学校聘副教授，加入课题组。
  • 2018年8月，王柳静博士生获得国家留学生基金资助，并于2018年10月前往美国密歇根大学张阳实验室展开联合培养。
  • 2018年7月25—7月27日，课题组成员参加了武汉举办的第37届中国控制会议。
  • 2018年7月，周晓根博士获得浙江工业大学校优秀博士论文。
  • 2018年6月，郝小虎博士获得浙江工业大学优秀博士学位论文培育资助。
  • 2018年6月，课题组成员赴三亚开展集体活动。
  • 2018年5月，实验室荣获浙江工业大学信息工程学院“学术领航实验室”称号。